无机污染： CaCO3垢主要是由化学沉降作用引起的，通过朗格里尔指数LSI的核算也表明要处理水的LSI值大于零，则有结垢的倾向。SiO2胶体颗粒主要是由胶体富集作用决定的。总的可认为膜的无机污染符合两步机理，即成核和长大。
有机污染： 膜的特性，如表面电荷、憎水性、粗糙度，对膜的有机吸附污染及阻塞有重大影响。极性有机物在纳滤膜表面上的吸附可能以氢键作用、色散力吸附和憎水作用进行。对于非极性有机物：首先，憎水性有机物与水间的相互作用使这些扩散慢的有机物富集在膜表面上；其次，高分子有机物的浓差极化也有利于它们吸附在膜表面上；再次，水中离子（主要是Ca2+)与有机物官能团相互作用，会改变这些有机物分子的憎水性和扩散性。
微生物污染： 一般膜进水的TDS（溶解于水中的总固体含量）是产水的10倍左右，同时由于边界层效应和生物黏垢的形成，进水在膜表面上为非均匀混合，使得进水中的有机物、无机物更容易浓缩在膜上，膜表面的这种特殊物理化学与营养环境将影响那些最终在膜表面的微生物的生长。
纳滤膜的清洗： 一般情况下，清洗时先用低pH值后用高pH值的洗液，这主要与膜上污染物的形成因素有关。系统运行过程中，胶体粒子和有机物污染最先在膜上沉积和吸附，形成膜表面的第一层垢；碳酸盐及金属氧化物垢是逐渐形成的，沉积于胶体垢之上，并缓慢渗入胶体中。因此，先用酸性溶液去除上部污垢，并可达到松动下层胶体的作用；然后再用碱性溶液清洗，可快速达到清洗效果。
